使用兵力
しかし連合艦隊司令長官山本五十六大将のハワイ作戦提案により、同作戦と南方攻略戦の重要度が天秤にかけられることとなった。
しかし山本大将の強い意向により、軍令部側が折れる形で第１・２航空戦隊の４隻の空母を投入することなる。そして今回の作戦研究として1941年(昭和16年)９月の海軍大学校での図上演習が行われたが作戦の計画変更を余儀なくされたのである。図上演習の結果は当初目標のアメリカ艦隊主力部隊撃滅に成功したが、『赤城』『飛龍』の２隻を失い、艦載機も1/3を失うという結果であった。
このため戦力不足が指摘され、当時連合艦隊に配備前の第５航空戦隊の２隻を作戦に加えることとなった。南方作戦における海上交通線の確保が最重要と言われていたにもかかわらずである。これには海軍航空隊の主力戦闘機『零式艦上戦闘機』の長大な航続距離が空母を使用せずともフィリピン航空戦に投入可能であるとの運用実験結果も影響していると言われる。
結局ハワイ作戦には日本海軍の空母そして航空戦力の殆どが投入されることとなった。それは日本海軍の総力と言っても過言ではなかった。
ハワイ作戦に投入された艦船リスト（南雲機動部隊 潜水艦隊）
開戦時、連合艦隊旗艦『長門』をはじめとする戦艦中心の主力艦群は本土に待機し、偽装無電等の陽動作戦を行い間接支援を行うこととなった。
さらに直接支援としてはハワイ作戦に失敗した場合には東進して迎撃態勢を整えることとした。
また第１航空艦隊の本土帰還に対して敵潜水艦による攻撃を防ぐ為、多数の水雷戦隊が投入されることとなった。
結局ハワイ作戦成功後、南方作戦に投入され活躍出来た為、本作戦の南方攻略戦に対する支障という危惧は無駄に終わったと言える。しかしこの作戦が一歩間違えれば即日本の敗戦に結びつく可能性があったことは事実である。
